清朝统一全国后接受了佛教，对道教采取了严格的防范和抑制的政策。清初的顺治、康熙、雍正从笼络汉人的角度出发，抑制程度较为宽松，雍正是唯一优待道教的皇帝。乾隆宣布藏传佛教为国教，将正一教主的品秩由二品降为五品，以后的清朝皇帝对正一派限制不断加强。鸦片战争后，国家落后衰弱，西方思潮入侵，正一道更是江河日下。清朝正一道地位很低，其中娄近垣是唯一能以着述流传后世者。
全真龙门派方丈大律师王常月祖师，提出了“戒行精严”的修道思想，开创“龙门中兴”，促进全真道复苏。全真道在阐发内丹学方面成绩斐然，有闵一得、刘一明、李西月、柳华阳等学者。清朝中后期，吕祖、妈祖、关帝、文昌、财神等各类民间信仰盛行，各种民间宗教也延续了明末的热潮，义和团、黄天教、红阳教、混元教等教派层出不穷。台湾省建立后，取消了正一真人封号和财政支持，新文化运动使道教思想受到极大冲击，1928年国民政府颁布神祠废存标准又沉重打击了张天师，正一教衰落得无以复加。解放战争胜利前夕，张陵第63代传人张恩溥遗弃正一祖庭龙虎山，随蒋潜逃台湾。民国时期最着名的道教学者是全真龙门派居士陈撄宁，他提出了独树一帜的“仙学”理论，意在促进道教与时俱进。
