至元十四年（1277），元世祖授予第36代天师张宗演官方承认的天师头衔和统领江南道教的权力，龙虎宗成为南方道教的官府衙门。
同时龙虎宗还形成了一个支派玄教。至元十三年（1276）随张宗演赴京的张留孙受元室宠信而留在京城，利用政治地位日益巩固的机会，从龙虎山征调许多道士到京城和江南管理道教事务，逐渐形成了一个龙虎宗支派。玄教以“清静无为为本，慈俭不敢为天下先”为宗旨；政治上尊荣显贵，掌门人积极参加政治活动；思想上儒学化，如二祖吴全节推崇理学，力行忠孝；宗教内容上，兼容各种新旧道派的思想、道术。玄教共历五代掌教，元朝灭亡后重新归宗于正一道。
1246年元世祖召见太一道四祖萧辅道，标志着太一道正式得到元朝的认可。太一道传到七祖萧天佑后逐渐融入了正一道。
茅山宗在元代有一定的发展，其活动主要以江浙苏杭为基地，兼及福建、江西等地，代表人物有杜道坚、赵嗣祺和张雨。
元世祖至元末年，南昌道士刘玉重建净明道组织，重新阐释“忠孝净明”的教义，追求道德的完善，用“惩忿窒欲、正心诚意”的修炼方法，达到净明境界而与道合一。它的入世精神被很多士大夫赞许，在江西十分盛行。
神霄派在元朝的传人主要是莫月鼎，主要活动于苏、浙、赣、闽、广等地，在民间影响很大。
清微派在元朝以黄舜申一系为主，后分建宁和武当山两支向南北传播，清微雷法追求天人合一、内炼与外法相结合，同时还受程朱理学的影响。
东华派在元朝的主要传人是林灵真，后归于正一道。
天心派在元朝的主要传人是雷时中，他宣称路真君授其“混元六天如意道法“，故此派又称为混元派。
新旧符箓道派教义、法术都很接近，各派之间相互融合早已有之，为各派归一奠定了思想基础；元室任命张天师掌管江南道教，使龙虎宗成为最具凝聚力的道派，为正一道的形成奠定了组织基础。大德八年（1304）元成宗敕封第38代天师张与材为“正一教主”，标志着正一道的正式形成。
