就社会组织的性质来说，宗教团体与宗教活动场所都属民间非营利组织，都是独立的民事主体，在法律上的地位是平等的，它们之间无隶属关系，没有领导被领导的关系。同时，由于宗教团体是由本宗教信教公民自愿组成的社会组织，代表宗教活动场所、宗教教职人员和信教群众的合法权益，是党和政府联系宗教教职人员和信教群众的桥梁和纽带，因而它对本宗教的教务活动（包括宗教活动场所的教务活动）具有一定的指导、协调责任。《宗教事务条例》规定，宗教活动场所的设立必须由宗教团体提出申请，并负责筹建；寺观教堂如需要修建大型露天宗教造像，要由省、自治区、直辖市宗教团体提出申请；宗教教职人员要经宗教团体认定；宗教教职人员担任或离任宗教活动场所主要教职要经宗教团体同意等。另外，《中华人民共和国境内外国人宗教活动管理规定》中对宗教团体与宗教活动场所的关系也有相关规定。如经省、自治区、直辖市以上宗教团体的邀请，外国人可以在中国宗教活动场所讲经、讲道等。
