道教教派众多，从创教之始，在至上最高神上就有所分歧。早期的五斗米道创教时，以太上老君为教主，供奉“三官”，从而魏晋南北朝时，北魏寇谦之的天师道，由于其享“天师之位”，受“清整道教”之命，得《云中者音诵新科之诫》20卷，均假“太上老君”之名，为此，他依然崇奉太上老君就成为必然的了。
太平道开始创教时，後者则崇拜黄老，供奉“中黄太乙”。东晋中後期，上清派、灵宝派相继出现，新出现的《上清》、《灵宝》经中，不再尊太上老君为至上神。上清派以元始天王或太上玉晨道君为最尊，灵宝派以元始天尊和太上大道君地位最显，有的经书也列太上老君，但其排列地位稍次。
後来在各派协商，融合中提出“道不可无师尊，教不可无宗主，故老君师太上玉晨大道君焉，大道君即元始天尊之弟子也。”的共识，正是在这种师徒关系下，使他们成为三位一体的“三清尊神”，为道教神仙谱系中的最高神。
另外，各派又有自己的创派真人、主祭神灵等。
道教在吸收各种原始宗教、民间宗教、神话传说的基础上，逐渐形成了自己的神仙谱系，并与原来的地方宗教或融合，或形成总支形式。
道教也是在不断发展变化的，它时常与其它宗教、人们的倾向愿望相互影响。
几千年间，中国的道教、佛教、伊斯兰教、基督教等各个教派排间虽然也时常有矛盾，但没有爆发过大的宗教战争，这是值得庆幸的。
